在子宫内感染病毒的动物可能天生肌肉骨骼系统有病变或畸形。如果母亲在怀孕的某些阶段暴露于某些毒素，异常也可能是先天性（出生时就存在）。一些影响肌肉骨骼系统的遗传（遗传）疾病可能源自神经系统。

营养不良样肌病

动物中已描述了许多进行性肌肉疾病（也称为肌病）的案例。肌病可能遗传，许多症状类似于人类中各种类型的肌营养不良。猫中描述了一种类似犬和人类的杜氏型肌肉萎缩症。这是一种攻击腿部和盆腔肌肉的肌营养不良症，可能导致心肌疾病。症状可能包括肌肉逐渐无力、吞咽困难、步态僵硬以及肌肉萎缩。此类肌病可能导致心肌疾病甚至死亡。公猫更容易受到影响。

糖原贮积病（糖原作用）

糖原是一种复杂的碳水化合物，通常储存在肝脏和肌肉中。身体将其转化为葡萄糖作为能量来源。患有糖原储存疾病的动物可能会逐渐虚弱，直到无法从平躺姿势中起身。迄今为止，已在包括猫在内的动物中发现了几种与人类类似的糖原储存疾病。

成骨不全症

成骨不全症的猫会遗传到非常脆弱的骨骼和松弛的关节。长骨（如前肢和后肢的主要骨头）通常较细，外层薄薄。诊断该病的兽医会寻找近期骨折和骨折的迹象。成骨不全症动物的眼白也可能带有蓝色调。

猫的其他先天性和遗传性肌肉骨骼疾病

猫还发现了其他几种先天性和遗传性肌肉骨骼疾病。最常见的是多余的脚趾（称为多指症）。猫也可能天生没有脚（足部）或肢体某些骨骼（半肢）。动物也可能天生脚趾分裂或缺失，这种状况称为“龙虾爪”缺陷或外指综合征。最后，有报道指出有几只猫的脚趾融合在一起（并指）。